وفي صدر الإسلام، مع ظهور بلاد ما وراء النهر، أصبح اسم تركستان يطلق على المناطق التي تقع في شمال شرق ما وراء النهر، وبالأخص على تركستان الشرقية، حيث يعدد ابن كثير من مدن تركستان كاشغر وبلاساغون وختن وطراز، ويصدق على هذا ما يقوله أبو الفداء المتوفى عام 732هـ/1321م: كاشغر قاعدة تركستان، وقد كانت عاصمة دولة القاراخانية أول دولة تركية إسلامية، ومنذ ذلك التاريخ واسم تركستان يستعمله كل باحث وكاتب، وإبان الاحتلال الروسي لجمهوريات آسيا الوسطى الإسلامية الخمس كان المسلمون يطلقون عليها تركستان الغربية، بينما الروس والسوفيات أسموها آسيا الوسطى السوفياتية، والجزء الذي احتلته الصين عرف باسم تركستان الشرقية أو الصينية..ثم استمر استعمال اسم تركستان الشرقية حتى في المؤلفات التي طبعت في تركستان نفسها قبل الحكم الشيوعي في الصين، مثل كتاب (اوترا آسيانينك تاريخي) أي تاريخ آسيا الوسطى، المطبوع في كاشغر في عام 1936م..وكتاب (ولكه ترايخي) أي تاريخ المنطقة المطبوع في أورومجي في عام 1948م، ناهيك عن آلاف الكتب والنشرات والصحف التي أصدرها الثوار التركستانيون منذ الاحتلال الصيني لبلادهم في داخل تركستان وخارجها، بل استعملها الصينيون أنفسهم..ويضيف المقال: العلاقات التي ربطت تركستان بالصين هي علاقات تجارية من خلال طريق القوافل بين الشرق والغرب، والتي عرفت باسم طريق الحرير بعد أن أطلق عليها المستشرق الألماني ريختوفن Ferdinand von Richthofen هذا الاسم في أواخر القرن التاسع عشر الميلادي.