وتم تقسيم تركستان الشرقية إلى 6 مناطق، حكمتها الصين بقبضة من حديد، فأغلقت المساجد وجرَّمت اقتناء المصاحف، والتعليم الديني وإقامة العبادات، وأُجبر المسلمون على تعلم الإلحاد وتناول الأطعمة المحرمة، وتحديد النسل، وبُنيت سجون عديدة ثم إلقاء الآلاف منهم داخلها باعتبارهم أخطر المجرمين على أراضيها، وعملت الصين على إلحاق الأذى بمسلمي تركستان بكل ما أوتيت من قوة، فقامت بإجراء تجارب نووية على أراضيها، ففي عام 1964م قامت بإجراء 35 تفجيرًا نوويًّا، دون أية تدابير لحماية المواطنين، ما أدَّى إلى زيادة معدلات الإصابة بأمراض السرطان والتشوهات الخلقية.
الصين تتعامل مع مسلمي تركستان بعنصرية
وإن كان ماوتسي قد أعطى الإقليم حكمًا ذاتيًّا، إلا أنه من الناحية الفعلية حدث العكس تمامًا، فالحكم ودفته في يد الصينيين، وينفذه الموظفون التركستانيون بالإكراه.
وتقوم الحكومة الصينية بالتمييز ضد الشعب التركستاني وتهجيره؛ بهدف تغيير التوزيع السكاني بالإقليم وإحلال الصنيين محل التركستانيين.
كما عملت الحكومة الصينية على قطع الصلة بين مسلمي تركستان الشرقية بالإسلام والمسلمين، فمنعت سفر المسلمين إلى خارج البلاد، كما منعت دخول أي أجنبي لتفقد أحوالهم، ومَن استطاع منهم الهروب إلى الخارج لم ينج أقاربه من العقاب في الداخل.
ومنذ بداية الحكم الشيوعي وحتى الآن يعمل الصينيون على تذويب الشعب التركستاني في المجتمع الصيني وطمس هويته، ومن وسائل التذويب التي يتبعها الصينيون في تركستان الشرقية منذ سنين طويلة.. تشجيع الزواج بين التركستانيين والصينيين، وإلغاء اللغة الأويغورية من المؤسسات التعليمية والحكومية، وإحلال اللغة الصينية محلها.