وقد استولى الصينيون على تركستان الشرقية سنة (1174 هـ 1760م) بعد أن ضعف أمر المسلمين بها، وقامت بينهم معارك دامية في عام 1759م، ارتكبت خلالها القوات الصينية مذبحة جماعية قتل فيها مليون مسلم.
ثم قامت الصين باحتلالها في عهد أسرة المانتشو عام 1760م، وفرضوا سيطرتهم عليها حتى عام 1862م، لكن الشعب التركستاني لم يستسلم، ولم يخضع للجبروت الصيني، بل استمرَّ في مقاومته للاحتلال، حتى تحرير بلاده عام 1863م، وأقاموا دولةً مستقلةً إسلامية تحت زعامة "يعقوب بك بدولت" الذي استمرَّ حكمه 16 عامًا.
إلا أن الصراع الذي دار بين البريطانيين والروس خلال القرن 19 للسيطرة على آسيا الوسطى، وتخوف البريطانيين من أن ينجح الروس في ضم تركستان الشرقية إلى أراضيهم، بعد أن سيطروا على معظم دول آسيا الوسطي المسلمة (تركستان الغربية)، فقاموا بمساندة الصينيين للسيطرة عليها، واستطاعت الجيوش الصينية الضخمة بقيادة الجنرال "زوزونغ تانغ" مهاجمتها واحتلاها مرةً أخرى في عام 1876م، ومنذ ذلك التاريخ سُميت باسم "شنجيانغ"، أو "سنكيانج".
وفي 18 نوفمبر 1884م ضمها الصينيون داخل حدود إمبراطورية المنجو، لكن الجهاد لم يتوقف، وتابع التركستانيون كفاحهم وثوراتهم ونجحوا مرتين الأولى في عام 1933، والثانية عام 1944م حتى نال الإقليم استقلاله بعد الثورة التي قادها الشيخ "علي خان"، إلا أنها لم تستطع الاستمرار طويلاً، حيث قام الاتحاد السوفييتي بدعم الصين عسكريًّا وماديًّا للقضاء على هذه الدولة.
وفي عام 1949م قام "ماوتسي تونج" (الزعيم الصيني الشيوعي) بفرض سيطرته على المنطقة كلها، وبمؤامرة روسية صينية مشتركة، تم القضاء على زعماء القومية الأويغورية والكازاخية في جمهورية تركستان الشرقية الوليدة، حيث أيقن الروس أن هؤلاء المناضلين سيدعمون أشقاءهم في دول آسيا الوسطى المسلمة في كفاحهم للتخلص من الشيوعية السوفيتية.
قبضة حديدية