وكشأن أي احتلال استيطاني توسعي لا تهمه حقوق الشعوب المستعمرة ، ولا يبالي بحقوقهم الدينية او الثقافية ، عاني الأويغور الكثير والكثير تحت حكم الحزب الشيوعي الصيني ، ولمدة طويلة جدا كان الأويغور محرومين من مهن معينة ، كالتجارة التي اقتصر العمل فيها علي الصينيين من الهان ، كما اغلقت مساجدهم التي زادت عن عشرين ألف مسجد ومنعت فيها الصلاة أو ان ترمم وتصان وتم التضييق علي اللغة التركية التي يتكلم بها أهالي الاقليم الذي يمثل سدس مساحة الصين ويحتوي علي ثروات طبيعية وزراعية ومعدنية هائلة وحجبت الحقوق الثقافية تماما . ولم يتغير الامر جزئيا إلا بعد عام 1978، وبعد ان تم تغيير قسري في التوازن الديموجرافي لصالح قومية الهان الذين كانوا يمثلون فقط 6% من عدد السكان في عام 1950، فإذا بهم يمثلون 48% من إجمالي السكان في عام 2006. بينما فقد المسلمون الأويغور وضعيتهم من كونهم الاغلبية الساحقة في الاقليم من 92% مطلع الخمسينات إلي اقل من 46% في نهاية عام 2007.

وتتضمن معاناة المسلمين الأويغور أمورا عدة من بينها انخفاض الراتب في الجهات الحكومية مقارنة بالراتب الذي يحصل عليه الصيني من قومية الهان لنفس العمل ، واقتصار التوظيف الحكومي علي من يعرف اللغة الصينية ، ومحدودية الانفاق علي البنية الاساسية في الاقليم ككل مقارنة بما يصرف في المقاطعات الاخري .