قدّم الشقيري إلى مؤتمر القمة العربي الثاني (5/9/1964م) تقريرا عن إنشاء الكيان الفلسطيني ، وأكد فيه على الناحيتين التنظيمية والعسكرية للكيان، من أجل تحقيق هدفي التعبئة والتحرير. كما قدّم إلى المؤتمر أعضاء اللجنة التنفيذية لمنظمة التحرير الفلسطينية. وقد وافق المؤتمر على ما قام به الشقيري ، وعلى تقديم الدعم المالي للمنظمة.

تفرّغ الشقيري لرئاسة اللجنة التنفيذية في القدس ، ولوضع أسس العمل والأنظمة في منظمة التحرير الفلسطينية ،وإنشاء الدوائر الخاصة بها ومكاتبها في الأقطار العربية وفي الدول الأجنبية ، وبناء الجهاز العسكري تحت اسم جيش التحرير الفلسطيني.وفي الدورة الثانية للمجلس الوطني الفلسطيني (القاهرة 31 أيار ـ 4 حزيران 1965م) بين الشقيري ما قامت به اللجنة التنفيذية برئاسته، ومن ذلك إنشاء القوات العسكرية، والصندوق القومي ، ودوائر المنظمة ومقرها العام في القدس. ثم قدم استقالته، فقبلها المجلس ، ثم جدد رئاسته للجنة التنفيذية ومنحه حق اختيار أعضائها.

وبعد عدوان حزيران سنة 1967م حدث تغيير كبير على الساحتين العربية والفلسطينية، كما قام تباين في وجهات النظر بين بعض أعضاء اللجنة التنفيذية للمنظمة ورئيسها، فتقدم الشقيري في كانون الأول سنة 1967باستقالته إلى الشعب العربي الفلسطيني. وقد قبلت اللجنة التنفيذية تلك الاستقالة.

رفض الشقيري، بعد استقالته ، أي عمل أو منصب رسمي ، وانصرف إلى الكتابة فكان يقيم في منزله في القاهرة معظم أيام السنة ، وينتقل صيفاً