وتنفيذاً لما ورد في المادة 8 من النظام الأساسي التي تنص على أن ينعقد المجلس الوطني دورياً بدعوة من رئيسه مرة كل سنة ، وبناء على الدعوة الموجهة من الرئيس ، عقد المجلس الوطني دورته الثانية في القاهرة وقد افتتح رئيس الجمهورية العربية المتحدة جمال عبد الناصر المؤتمر بخطاب قومي أكد فيه حرصه على قيام م. ت. ف. ودعمه لها بالإمكانيات كافة.

واستعرض المجلس ما أنجزته اللجنة التنفيذية ، وفي ختام الجلسات قدم المرحوم الشقيري استقالته إلى المجلس الذي قبلها وكلف الشقيري بإعادة تشكيل اللجنة التنفيذية على أن يكون له الحق في اختيار أعضائها.

وقد استمرت اللجنة التنفيذية الثانية في عملها حتى عقد المجلس الوطني دورته الثالثة في مدينة غزة في 20/5/1966 في جو من التوتر الشديد بين م. ت.ف. والأردن ، بسبب الحملة الإعلامية التي كانت دائرة بين م.ت.ف. وحكومة الأردن لأسباب كثيرة.

طلب الشقيري من المجلس الوطني تعديل المادة 22 من النظام الأساسي قائلا: "تبدأ هذه المادة بتشكيل وحدات فلسطينية خاصة... بداية هزيلة وعبارة نحيلة.. أما اليوم فإني اقترح على مجلسكم الموقر أن تعدل هذه المادة التي كتبت في القدس ، وهو بلد عزيز علينا ، ونعدّلها في غزة ، وأقترح أن تصبح المادة 22 على الوجه التالي:

" تنشيء م.ت.ف. جيشاً من أبناء فلسطين ، يعرف بجيش التحرير الفلسطيني ، له قيادة مستقلة ، واجبه القومي أن يكون طليعة التحرير في معركة التحرير".