كان عبده شأنه في ذلك شأن أستاذه الأفغاني يريد السير بمصر إلى الاستقلال ، متخيلاً في ذلك الإمبراطورية العثمانية كسند سياسي والولاء للسلطان كسند روحي ، فدعا عبده إلى إحياء الخلافة الإسلامية على أن يتزعمها آل عثمان، وكان يتصور الخلافة على شكل اتحاد كونفدرالي إسلامي ، تضمن فيه الشعوب والطوائف الدينية حقوقها كافة ، وقال عبده (( أن صوت الإمبراطورية العثمانية هو المبدأ الثالث بعد الأيمان بالله ورسوله )) (1) .

دعا عبده شعوب المقاطعات الداخلة في الإمبراطورية العثمانية إلى السير بشكل مستقل نحو الرقي من دون تغذية العداوة لتركيا ، و من دون محاولة التنافس معها ، والى انتظار الفرصة لنيل الاستقلال (2) .

ليس هناك من مسلم يتمنى هزيمة الإمبراطورية العثمانية في الحرب ، لان هذا يوؤل إلى حرمان المسلمين من السند الذي يستندون أليه (3) .

تظهر عند عبده عناصر الوطنية المصرية في أطر النزعة الإسلامية العثمانية وحدها ، وإذا كان محمد عبده أكد في زمن نهوض الحركة القومية التحررية في عام 1881 ((أن المصري يجب إن يحب وطنه – مصر)) فقد أشار أيضا بعد ثلاث سنوات إلى آن (( التعصب العنصري ، الذي يسمى بالوطنية ، إنما يحركه الأوربيون ، الذين يحاولون بشتى الوسائل تجزئة الشعوب الإسلامية ، فيسهل عليهم تحقيق سياستهم الاستعمارية )) (4) .