كان من اثر الأفغاني على عبده اتجاه الأخير نحو الإصلاح ، فشرع يكتب في صحيفة ( الأهرام ) فصولا متتابعة ، سامية المنزع مشتملة على أصول الدعوة الإصلاحية التي صرف حياته في سبيلها ، فاسترعت تلك الفصول نظر الناس إلى ذلك المصلح الشاب الذي كان يدعو إلى النهضة بخبرة الشيوخ الكبار من المصلحين ، وكان فيها عاقلا جريئا ، فوصل صدى تلك المقالات إلى إسماع الجامدين من الشيوخ ، والتقى فيها بحديث ملازمة كاتبها للسيد جمال الدين الأفغاني واشتغاله بالفلسفة وترجيحه لبعض مذاهب المعتزلة ، ونهيه عن التقليد ، ودعوته إلى اشتغاله بالعلوم الحديثة لأنها تتماشى مع روح العصر ومنطق التطور (1) .

ومع ذلك اختلف الشيخ محمد عبده مع أستاذه جمال الدين الأفغاني في كيفية إقامة الشكل الدستوري للحكم في البلاد الإسلامية ، فقد كان عبده يعتقد بعدم استعداد الشعب لحكم نفسه بنفسه ، ويدعوا إلى (( التوسيع التدريجي للطابع التمثيلي لأجهزة الحكم )) على اختلاف درجاتها مع تأسيس برلمان تمثيلي يتمتع بكل الصلاحيات بوصفه مرحلة ختامية للتطور الدستوري (2) .

كان عبده يرى انه (( من غير المعقول منح الرعية ما ليست مهيأة له )) كما انه من غير المعقول بدرجة اكثر السعي إلى إيجاد برلمان باللجوء إلى العنف، وقد كتب يقول (( إذا لم يكن الشعب مهيأ للمشاركة في حكم البلاد ، ومهيأ لتصريف شئونه ، فأن المطالبة بذلك ، عن طريق التهديد باستعمال القوة ، لامعنى له )) (3) .