الفترة الثالثة: ما بين عام (٦٧٨ هـ) إلى عام (١٢٥٤ هـ) تقريبًا (١).

إعادة بناء الحائطين الغربيين الداخلي والخارجي من حوائط حجرة عائشة رضي الله عنها، حيث إن الحائط الداخلي سقط على الحائط الخارجي فتصدّع الخارجي فأُعيد بناؤهما.

أُقيمت قبة زرقاء داخلية مربعة من أسفلها مثمنة من أعلاها مصنوعة من أخشاب، أُقيمت على رؤوس الأسوار المحيطة بحجرة عائشة رضي الله عنها، مكسوة بألواح الرصاص (٢).

بُنيت أسوار ثالثة على حجرة عائشة رضي الله عنها (٣).

تعرضت القبة لإصلاحات كثيرة ومُكلفة من قِبل الأمراء والملوك، حيث إنها جدّدت ورُممت وهُدم أعاليها، وبُنيت قبة أخرى بيضاء على الأسوار الخارجية المرتفعة (٤) وغُيّر لونها مرات عديدة حتى طُليت باللون الأخضر (٥)، ومنذ ذلك الوقت سميت بالقبة الخضراء واشتهرت بها كمعلم للمدينة، وكانت تعرف قبل ذلك بالقبة البيضاء ثم الفيحاء ثم الزرقاء.

وُضع سور حديدي بينه وبين السور الثالث نحو مترين في بعض المناطق، ونحو متر في بعضها، يضيق ويزداد من منطقة إلى منطقة حول حجرة عائشة رضي الله عنها.