توفي المحقق الطوسي في آخر نهار يوم الغدير سنة اثنتين و سبعين و ستمائة (672ه)، و كانت مدة عمره خمسا و سبعين سنة و سبعة أشهر و سبعة أيام. وقد شيع جثمانه في موكب كبير اقترن ياجلال واحترام وتعظيم، وشارك في تشييعه صاحب الديوان والرجالات البارزة، ودفن في مشهد مولانا الكاظم لاللا. قال المحدث النوري: من الاتفاقات الحسنة أنهم لما احتفروا الأرض الدفنه فيها وجدوا قبرا مرتبا مصنوعا لأجل دفن الناصر العباسي، ولم يوفق الناصر للدفن فيه، و دفنوه في الرصافة، فوجدوا تاريخ إتمامه المنقوش في أحد أحجار القبر موافقا ليوم تولد المحقق.

و مما يذكر أنه أوصى أن ينقش على قبره هذه الآية الكريمة: «و كلبهم باسط ذراعيه بالوصيد» (الكهف: 18)، وذلك تعظيما لآل بيت الرسول ل الذين يدفن إلى جوارهم، وإجلالا لمقامهم الشريف.

1- صدرالدين علي، الذي قام مقام أبيه بعد وفاته، و كان رئيسا لمرصد مراغة، وتولى الأوقاف إلى سنة 87ق.

2- اصيل الدين ابو محمد حسن، كان عالما أديب ماهرا في أمر الديوان، و كان مفزعا وملجا للعلماء، و كان جمع كثير في خدمته، توفي سنة 714 هأو 715ه و دفن في الروضة الكاظمية المشرفة.

3 ابو الفاسم فخرالدين أحمد، كان فاضلا شاعرأو متضلعا في علم الهندسة، تولى الأوقاف