في الفقه: جواهر الفرائض، و يطلق عليه «الفرائض النصيرية».
في الفلك: الصبح الكاذب، التذكرة.
في الطب: تعليقة على قانون ابن سينا.
في المنطق: أساس الاقتباس، تجريد المنطق.
في الفلسفة والحكمة: شرح الإشارات، رسالة في العلم الاكتسابي، الرسالة النصيرية، رسالة في إثبات الجوهر المفارق، إثبات العقل الفعال، بقاء النفس بعد دثور البدن.
في علم الكلام: تجريد العقائد، قواعد العقائد، الفصول النصيرية، تلخيص المحصل، مصارع المصارع، رسالة في الجبر والاختيار، رسالة السير والسلوك، معرفة النفس، رسالة في العصمة، رسالة في أصولالدين، رسالة في الإمامة.
ح) وفاته ومدفنه
أصيب المحقق الطوسي في بغداد بمرض الزحار (داء عضال) و كان يحز في نفسه أن الزيج الإيلخاني الذي تعب على استخراجه هو و أصحابه طوال سنوات، لم يسلم من بعض الأخطاء. فأوصى إلى ابنه صدرالدين علي أن يعمل بالتعاون مع قطبالدين الشيرازي على إصلاح الزيج، و لما ثقل به المرض وعلم أن نهاية حياته قد قربت استشار بعض أصحابه في أمر التجهيز والدفن، فأشير عليه بأن ينقل إلى النجف الأشرف ليدفن بجوار مرقد أمير المؤمنين علي بن أبي طالب لل له، فقال: إني لأستحمي من وجه سيدي الإمام الهمام موسى بن جعفر طليلا أن آمر بنقل جسدي من أرضه المقدسة إلى موضع آخر.