وتتمثل صورة التصوف عنده في أوضح مظاهرها في كتابه "مصباح الهداية إلى الخلافة والولاية" وكتابه "سر الصلاة"..وفيما يلي بيان لاعتقاده الاتحادي:

أ- قوله بالحلول الخاص

يقول الخميني عن أمير المؤمنين علي: "خليفته- يعني خليفة الرسول صلى الله عليه وسلم- القائم مقامه في الملك والملكوت، المتحد بحقيقته في حضرت الجبروت واللاهوت، أصل شجرة طوبى، وحقيقة سدرة المنتهى، الرفيق الأعلى في مقام أو أدنى، معلم الروحانيين، ومؤيد الأنبياء والمرسلين علي أمير المؤمنين".(مصباح الهداية إلى الخلافة والولاية: الخميني، منشورات مؤسسة الأعلمي للمطبوعات - بيروت لبنان

الطبعة الأولى 2006، ص13). وقوله: "المتحد باللاهوت" كقول النصارى باتحاد اللاهوت بالناسوت، كقول غلاة الشيعة الذين زعموا أن الله حلّ في علي".(انظر مقالات الإسلاميين: 1/83-86،الملل والنحل:الشهرستاني1/175).

ومن منطلق دعوى حلول الرب بعلي ينسب الخميني لأمير المؤمنين علي أنه كان يقول:" كنت من الأنبياء باطنياً، ومع رسول الله ظاهراً".(مصباح الهداية إلى الخلافة والولاية: ص142). ويعلق عليه فيقول:"فإنه عليه السلام صاحب الولاية المطلقة الكلية والولاية باطن الخلافة.. فهو عليه السلام بمقام ولايته الكلية قائم على كل نفس بما كسبت، ومع كل الأشياء معيّة قيّومية ظليّة إلهية ظل المعية القيومية الحقة الإلهية، إلا أن الولاية لما كانت في الأنبياء أكثر خصهم بالذكر".(مصباح الهداية: ص142). وقال في قوله عز وجل:(يُدَبِّرُ الأَمْرَ يُفَصِّلُ الآيَاتِ لَعَلَّكُم بِلِقَاءِ رَبِّكُمْ تُوقِنُونَ) الرعد 2. قال:"أي ربكم الذي هو الإمام".(مصباح الهداية إلى الخلافة والولاية: ص145).

ب- قوله بالحلول والإتحاد الكلي: