إن فكرة ولاية الفقيه هي بالمعنى الدقيق : فكرة حلولية ، دخلت على الفكر الشيعي عن طريق الفكر النصراني ، القائل : إن الله تجسّد في المسيح ، والمسيح تجسّد في الحبر الأعظم ـ تعالى الله عن ذلك وقد سبق ذكر بعض الأقوال في ذلك .
لقد كان البابا في عصر محاكم التفتيش يحكم أوربا باسم السلطة الإلهية المطلقة ، حيث كان يأمر بالإعدام والحرق والسجن ،... وقد دخلت هذه البدعة إلى الفكر الشيعي بعد الغيبة الكبرى ، وأخذت طابعاً عقائديّا ، عندما أخذ علماء الشيعة يسهبون في الإمامة، ويقولون : بأنها منصب إلهيٌّ ، أنيط بالإمام ، كخليفة لرسول الله صلى الله عليه وآله وسلم .
وبما أن الإمام ـ في اعتقاد الرافضة ـ حيٌّ ، لكنه غائب عن الأنظار ، ولم يفقد سلطته الإلهية بسبب غيبته فإن هذه السلطة تنتقل منه إلى نوّابه ، لأن النائب يقوم مقام المنوب عنه في كل شيء .
لكن هذه الفكرة ـ مع تبني بعض فقهاء الشيعة لها فيما سبق ـ لم تجد الفرصة المواتية للخروج من حيِّز الفكر إلى حيِّز العمل إلا بعد قيام الدولة الصفوية في إيران ، واستيلاء الشاه إسماعيل على مقاليد الأمور في إيران . مع أن غالب إيران كان سنِّيّاً، سوى قم وقاشان ونيسابور، وكانت أصفهان يغلب عليها الخوارج ، فلما طلب الشاه منهم التشيع وإلا السيف ، طلبوا منه أن يمهلهم أربعين يوماً حتى يكثروا من سب علي رضي الله عنه ثم يتشيعوا ، فكان ذلك ، فانضمت إلى المدن الشيعية .
ومع أن الشاه كان شيعياً للنخاع ، إلا أنه رضخ لولاية الفقيه ، وطلب من علي بن عبد العال الكركي العاملي ـ كبير علماء الشيعة في جبل عامل بلبنان ـ أن يُحكم له دعائم السياسة والملك ، ويجيزه الجلوس على كرسي الملك والحكم باسم الولاية العامة التي هي من صلاحيات الفقيه . ولا زالت الكتب التاريخية تحتفظ بالنصوص الواردة في إجازة الكركي للشاه .