هذا وانتهت فعاليات المؤتمر في ساعة متأخرة من ليلة الاثنين 13/ 11/2000م وأصدر المجتمعون بياناً ختامياً وجهت فيه دعوة غير ملزمة للدول التي لها علاقات بإسرائيل بقطعها، كما طالب البيان إسرائيل بالتوقيع على معاهدة الحد من انتشار الأسلحة النووية، وأشاد بالانتفاضة البطولية للشعب الفلسطيني، مطالباً مجلس الأمن بتشكيل لجنة تحقيق دولية في المذابح التي ارتكبتها إسرائيل، وإزالة المستوطنات، وداعياً إلى مقاطعة شاملة لإسرائيل، ومتوعداً بمقاطعة أي دولة تنقل سفارتها. وتناول ضرورة استخدام الطاقات الإسلامية لدعم النضال الفلسطيني والانتفاضة البطولية لتحقيق كامل الأهداف الفلسطينية، مشدداً على وقف الاستيطان الصهيوني، ومطالباً مجلس الأمن بإزالة المستوطنات وفقاً لقراره (465) وإحياء اللجنة الدولية لمنع الاستيطان في القدس طبقاً لقرار مجلس الأمن (446)، وتوفير حماية دولية للشعب الفلسطيني، ودعا المؤتمر إلى تشكيل لجنة تحقيق دولية للمذابح الإسرائيلية التي أدت إلى سقوط أكثر من مائتي شهيد وما يزيد على عشرة آلاف جريح، وتشكيل محكمة جنائية دولية خاصة لمحاكمة مجرمي الحرب الإسرائيليين وهي نفس التوصية التي صدرت عن القمة العربية بالقاهرة، وأوصى المؤتمر بممارسة الضغوط على المحافل الدولية والأمم المتحدة لحمل " إسرائيل " على إطلاق الأسرى والمعتقلين في السجون الإسرائيلية وإنهاء أسلوب العقاب الجماعي.

وعلى عكس حالة مؤتمر القمة العربي الطارئ الذي استضافته القاهرة حيث اتخذ قراراً بتجميد عملية السلام فور اختتامه، استبق رئيس الوزراء الإسرائيلي إيهود باراك صدور البيان الختامي للقمة الإسلامية، وأعرب عن أسفه للدعوات التي أطلقها القادة للمقاطعة وإعلان الجهاد ضد الكيان الصهيوني.