أما الفصل الثاني فقد خُصص للجوانب الطبيعية : الجيولوجيا والتضاريس والتربة والمناخ والمياه . وقد استعرض الرويثي فيه التكوينات الجيولوجية منذ عصر ما قبل الكمبري حتى الزمن الرابع . كذلك استعرض التضاريس، إذ أن المدينة عبارة عن حوض تحيط به الجبال . وربط الباحث بين الجيولوجيا والتضاريس والتربة من جانب وبين المياه الباطنية من جانب آخر، وربط ذلك بنشأة السكن . كل ذلك مع إعطاء خلفية للمناخ الصحراوي المتميز بندرة الأمطار وتذبذبها وارتفاع درجة الحرارة صيفاً ودفئها شتاءً .

وقد أشار الدكتور الرويثي في هذا الفصل إلى جانب هام وكأنه يدق ناقوس الخطر . ذلك الجانب هو موضوع المياه الباطنية، وهي مورد مخزون وعرضة للنضوب. وبالفعل قد نضبت في بعض المناطق مع ازدياد السَّحْبِ من المخزون المائي في باطن الأرض وعدم أو قلة التعويض من الأمطار . وذلك خطر ماثل حالياً وسيزداد في المستقبل مع زيادة السكان وازدياد النشاطات الاقتصادية التي تستعمل الماء في الزراعة والصناعة .