وقد شهدت مجلة الاتحاد المشيخي على طبيعة المناهج: "الجامعة الأمريكية بالقاهرة كانت تقدم المبادئ المسيحية، وهذا البرنامج كان بعيداً عن أن يكون منهجاً تعليمياً صرفاً، فالجامعة منظمة تبشيرية تستخدم التعليم للوصول إلى تحقيق غرضها التبشيري بين الناس".
-اختبار أعضاء هيئة التدريس: وقد نصت اللائحة الداخلية للجامعة عام 1954م على أنه عند تعيين الجامعة لهيئة التدريس يوضع في الاعتبار توافر الشخصية المسيحية للشخص المراد تعيينه من أجل تحقيق الهدف التبشيري، والمدرسون الأمريكيون خدم أغلبهم في الكنائس والاتحادات الدينية العالمية مثل جمعية الشبان المسيحيين وجمعية الشابات المسيحيات اللتين كان لهما نشاط واسع داخل الجامعة.
-الأنشطة الاجتماعية:
والتي تمثلت في الأنشطة الرياضية والنشاط الثقافي واتحاد الطلاب وقد وفرت هذه الأنشطة جواً اجتماعياً وتربوياً وثقافياً أسهم بشكل فاعل في تعميق أفكار الجامعة لدى الطلاب، وامتداد نشاطها خارج أسوار الجامعة، وتدريب الطلاب على التأثير المطلوب في المجتمع .
-المناخ الجامعي: حيث الروح الكنسية والجو الليبرالي بمفهومه الأمريكي حيث حرية التعبير والسلوك والعلاقة.. العلاقة التي تربط التلميذ بأستاذه ومحيطه الجديد، فقط كان الاحتكاك اليومي بين المدرس والطلاب أقوى من كل التأثيرات الدينية(1).
أما هدف إعداد النخبة الحاكمة وهو لا يقل أهمية عن الهدف الأول، وهو يبدو إنسانياً في ظاهره لكنه محمل بأبشع أنواع الاستعمار.
(1) ... بالطبع كانت حرية التعبير فقط في الإطار المرسوم من الجامعة بعناية أما ما يخالف ذلك فقد كان للتصرف معه أساليب ملتوية وقاسية؛ فالجامعة وإن تبنت ظاهراً الروح الليبرالية إلا أنها ما زالت تحتفظ لنفسها بمساحة يحظر الاقتراب منها وهي القضايا النصرانية والتبشير والإجبار على دراسة الإنجيل، لدرجة أن الجامعة خيرت الطلاب بين قبول هذه المواد وبين ترك الجامعة.