وكانت القضايا تناقش دون تحفظ، وقد وجد أن أثر هذه الطريق بالغ مع مضي الوقت في تقبل الكثيرين للعقائد النصرانية، وتضمنت المحاضرات كثيراً من الشبهات حول عقائد الإسلام مما اختلقه المستشرقون، كما مررت هذه المحاضرات العديد من الأفكار لقياس الرأي العام ودرجة الوعي، وكان من بينها محاضرة بعنوان "هل ستنال المرأة حقوقاً وواجبات مساوية للرجل؟" والتي ثارت بسببها ثائرة الناس، وشنت الصحف حينها حملات قوية على الجامعة، وكانت الجامعة تطأطئ رأسها للموجة ثم تعاود الكرة من جديد.

كما عملت الجامعة على نشر أفكارها من خلال سلسلة أخرى من المحاضرات التي يتخفى فيها الهدف الديني وتتحدث عن مواضيع من قبيل الرفاهية القومية والصحة العامة، والتاريخ والعلوم، والمشكلات القومية، والأمور السياسية وكل من هذه المجالات مرتبط بأهداف اجتماعية وثقافية ولكنها تحمل أفكاراً دينية لتأكيد الغرض التبشيري.

وكان الحضور منوعاً من كل الطبقات؛ أعضاء برلمان، وأساتذة وطلاباً بالأزهر، ونساء، وكبار رجال الدولة وعامة الناس، مما وضع الجامعة في أعلى مكانة على الخريطة الثقافية في مصر.

كما كانت تعرض أفلام تعليمية وأخرى مثل الفيلم التبشيري "King of kings" الذي يعرض العقيدة النصرانية في المسيح عليه السلام، وكان يعرض من عشرين إلى ثلاثين مرة كل عام قبل عيد القيامة، وقد قامت بالفعل بتنصير عدد من الطلبة المسلمين مما حرك نوازع الغيرة الدينية الشعبية ضد الجامعة، وقد نفس العامة عن هذه المشاعر كلما أتيحت الفرصة، وقد تم اقتحام الجامعة وتحطيم مكوناتها مرات عدة على إثر كل غضبة شعبية ضد المستعمر، كما حدث في حريق القاهرة وبعد العدوان الثلاثي وبعد نكسة 1967م.

-المناهج الدراسية: ويكفي هنا أن ننقل مقولة واطسن وهو يخطب أصدقاء الجامعة الأمريكية في القاهرة: "إني أتحدى أن ينجح أي منكم في اختبارات الإنجيل التي يواجهها طلابنا في الجامعة الأمريكية في القاهرة".