ولما توفي الشيخ محمد المهدي العباسي سنة 1315ه، أضيف منصب الإفتاء الذي كان يشغله إلى الشيخ النواوي بجانب رياسة الأزهر.

واستمر الشيخ النواوي جامعا للمنصبين، حتى وقع الخلاف الكبير أواخر سنة 1316ه بشأن إصلاح المحاكم الشرعية، وعرض على مجلس شورى القوانين اقتراح بندب قاضيين من مستشاري محكمة الاستئناف الأهلية ليشاركا قضاة المحكمة الشرعية العليا في الحكم، فوقف الشيخ حسونة ضد ذلك الاقتراح، وجرت مناقشة بين الشيخ ورئيس النظار مصطفى فهمي «باشا» انتهت بأن غادر الشيخ المجلس مغضبا محتجا.

وأكبر الناس موقف الشيخ، ولا سيما بعد أن سرى إلى الأذهان أن الحكومة تريد هدم الشريعة بذلك المشروع، ولكن النظار أحفظهم ما واجه به الشيخ رئيسهم، وحرك ذلك ما كان في صدورهم منه يوم أرادوا منع الحج احتجاجا بالوباء، واستفتوه ليجعلوا فتواه عصا يتوكئون عليها كلما أرادوا منع الحج، وظنوا أنه يوافقهم، لكنه أخلف ظنهم وأفتى بعدم جواز المنع، فلما كانت حادثته مع رئيس النظار، شكوه إلى الخديو وطلبوا عزله.

وحاول الخديو حمل الشيخ على قبول الاقتراح بعد تعديله وتغيير ما يراه مخالفا الشرع منه، فأصر على الامتناع، وقال: «إن المحكمة الشرعية العليا قائمة مقام المفتي في أكثر أحكامها، ومهما يكن من التغيير في الاقتراح فإنه لا يخرجه عن مخالفته للشرع؛ لأن شرط تولية المفتي مفقود في قضاة الاستئناف.»

وتألم الخديو من الشدة في كلام الشيخ، فمال لرأي نظاره فيه، ثم أصدر أمره يوم السبت 24 المحرم سنة 1317ه بعزل الشيخ عن رياسة الأزهر والإفتاء، وإقامة ابن عمه الشيخ عبد الرحمن القطب النواوي شيخا على الأزهر، والشيخ محمد عبده المستشار بالاستئناف الأهلي مفتيا.

ولما أذيع الأمر كثرت وفود العلماء والوجهاء على دار المترجم، وانطلقت الألسنة بمدحه والثناء عليه، وتعلقت به القلوب، وأقبل الناس عليه أي إقبال، وتحققوا بطلان ما اتهمه به خصومه.

والحقيقة أن الشيخ لم يعهد عليه ما يشين دينه ولا دنياه، بل عرف بالعفة وعلو الهمة ونقاء اليد. ولولا جفاء كان يبدو بعض الأحيان في منطقه، وشدة فيه يراها بعض الناس غلظة، ويعدها البعض شهامة، لحفظ ناموس العلم، خصوصا مع الكبراء الذين أفسدهم تملق علماء السوء وحملهم على الاستهانة بهذه الطائفة.

ولم يزل المترجم معتكفا في داره، مقبلا على شأنه، حتى انتقل إلى دار ابتناها بجهة القبة، ولم يقم ابن عمه في الأزهر طويلا، بل توفي فجأة بعد نحو شهر من ولايته سنة 1317ه، فولي على الأزهر الشيخ سليم مطر البشري المالكي، ثم استقال فأقيل يوم الأحد 2 ذي الحجة سنة 1320ه، وأراد الخديو إعادة المترجم أو تولية الشيخ محمد بخيت، فلم يوافق النظار، ثم تولى على الأزهر الشيخ علي بن محمد الببلاوي المالكي نقيب الأشراف، واستقال يوم الثلاثاء 9 المحرم سنة 1323ه، فأقيل يوم السبت 12 منه، وفي اليوم التالي عين الشيخ عبد الرحمن الشربيني الشافعي شيخا للأزهر، ثم استقال فأقيل يوم الأربعاء 16 ذي الحجة سنة 1324ه، ورتب له 15 دينارا مصريا في الشهر من الأوقاف الخيرية ليكمل مرتبه 25 دينارا، وفي اليوم نفسه أعيد الشيخ حسونة النواوي شيخا على الأزهر، ولكنه لم يمكث في المنصب طويلا بسبب اختلال الأحوال في الأزهر، فاستقال سنة 1327ه، وأعيد إلى الأزهر الشيخ سليم البشري، ولزم المترجم داره بالقبة يزوره محبوه ويزورهم حتى آخر حياته، وكان خلال توليته الأولى قد عين عضوا دائما غير قابل للعزل بمجلس شورى القوانين؛ ولهذا بقي في المجلس بعد عزله من الأزهر والإفتاء، حتى ألغي المجلس واستعيض عنه بالجمعية التشريعية سنة 1332ه.

وقد أصيب الشيخ في أواخر أيامه بأمراض ووهن في القوى وضعف في النظر، وانتقل إلى رحمة مولاه صباح يوم الأحد 24 من شوال سنة 1343ه، ودفن بقرافة المجاورين.