يضاف إلى ذلك، انشقاق النساطرة قبل ذلك أيضا إثر انعقاد المجمع الأفسسي قبل عشرين عاما من المجمع الخلقيدوني، أي سنة 431م.، ذاك الذي كان قد حكم بوجود: "اتحاد جوهري بين الطبيعتين في المسيح وأن الإله والإنسان في المسيح هما واحد وبأن مريم والدة الإله"، فقد رفض البطريرك الكبير نسطوريوس، بطريرك القسطنطينية، هذه العقيدة لأنه كان يؤكد على التمايز بين أقنوم (شخصية) الإله و أقنوم (شخصية) الإنسان في السيد المسيح وقال ما مؤدَّاه أنهما أقنومان اتحدا في المسيح، حيث أكد أن مريم لم تلد الله، ولا يجوز أن يولد الله بل ولدت يسوع الإنسان، وكذلك لم يكن الله هو الذي صُلِب ـ في اعتقاده ـ وتألم ومات، إذ كيف يتألم الله ويموت؟! بل كان هو يسوع الإنسان. وبالتالي فقد ميَّزَ نسطوريوس في الحقيقة بين أقنومين (شخصيتين) في السيد المسيح وليس فقط بين طبيعتين، ولذلك فمذهبه على الطرف النقيض تماما من مذهب الأقباط واليعاقبة، ولذلك كل من المذهبين يكفِّر الآخر و يلعنه و يتبرأ منه، هذا وقد كان مع نسطوريوس في عقيدته هذه كثير من مسيحيي المشرق الذين عرفوا بالنساطرة أو بطائفة الآشوريين أو الكلدان.

وإنما ذكرت ذلك ليتبين أن هذه العقيدة بالمسيح الشخص الواحد ذي الطبيعتين، عقيدةٌ انقسم في شأنها المسيحيون أنفسهم، ورفضها قسم كبير منهم، مما يدل على أنها صياغة وتفسير اجتهادي للإنجيل وليست من الأمور الواضحة القطعية فيه، وإلاَّ لما حصل حولها كل هذا الخلاف.