2- النزاع الذي حدث بين علي ومعاوية رضي الله عنهما نتيجة لاختلافهما في موعد الثأر من قتلة عثمان بن عفان رضي الله عنه ، والذي أدى إلى حدوث حرب عظيمة بين فئتين من المسلمين ، وبعد هذا النزاع اشتدت الخلافات على الخلافة: من يكون أحق بها؟ أيكون من قريش جمعاء أم يكون من أولاد علي رضي الله عنه خاصة أم يكون من المسلمين أجمعين ، والله تعالى يقول:﴿ إِنَّ أَكْرَمَكُمْ عِندَ اللَّهِ أَتْقَاكُمْ ﴾ [الحجرات: 13]، والنبي صلى الله عليه وسلم يقول:لاَ فَضْلَ لِعَرَبِيٍّ عَلَى أَعْجَمِيٍّ إِلاَّ بِالتَّقْوَى، وهكذا انقسم المسلمون إلى خوارج وشيعة وجماعات أخرى.

3- مجاورة المسلمين لأهل ديانات قديمة ودخول بعضهم الإسلام وكل هؤلاء في رءوسهم أفكارهم الدينية الباقية من ديانتهم القديمة فحاول بعضهم أن يدخل معتقداته السابقة في عقيدة الإسلام.

4- ترجمة الفلسفة الرومانية واليونانية ، فظهر علم الكلام وتحكيم العقل في أمور العقيدة فحرفوا أسماء الله وصفاته وظهر التعطيل والتمثيل والتشبيه والتجسيم والتكييف.. إلخ لصفات الله عز وجل، وتم التعرض لبحث كثير من المسائل الغامضة فحدث الاختلاف العظيم كما حدث في مسألة القرآن كلام الله أو أنه مخلوق.

5- ورود المتشابهات في القرآن الكريم كان سببا في الاختلاف ، فالعلماء الربانيون يرجعون المتشابه إلى المحكم في حين أن قليلي العلم فسروا الآيات تفسيرًا باطنيًّا فضلوا وأضلوا.