داخل القدس طواف النصر على غرار الجيوش الرومانية القديمة، ثم تم إعدامهم رمياً بالرصاص، وألقيت الجثث في بئر القرية وأُغلق بابه بإحكام لإخفاء معالم الجريمة.

ويقول ميرسييون: وخلال دقائق، وفي مواجهة مقاومة غير مسبوقة، تحوَّل رجال وفتيات الأرغون وشتيرن، الذين كانوا شباباً ذوي مُثُل عليا، إلى جزارين، يقتلون بقسوة وبرودة ونظام مثلما كان جنود قوات النازية يفعلون.

ومنعت المنظمات العسكرية الصهيونية مبعوث الصليب الأحمر (جاك دي رينييه) من دخول القرية لأكثر من يوم، بينما قام أفراد الهاجاناة الذين احتلوا القرية بجمع جثث أخرى وفجروها؛ لتضليل مندوبي الهيئات الدولية، وللإيحاء بأن الضحايا لقوا حتفهم خلال صدامات مسلحة (عثر مبعوث الصليب الأحمر على الجثث التي أُلقيت في البئر فيما بعد). وقد تباينت ردود أفعال المنظمات الصهيونية المختلفة بعد المذبحة، فقد أرسل مناحم بيجين برقية تهنئة إلى قائد الأرغون المحلي رعنان قال فيها: تهنئتي لكم لهذا الانتصار العظيم، وقل لجنودك إنهم صنعوا التاريخ في إسرائيل. وفي كتابه الثورة كتب بيجين يقول: إن مذبحة دير ياسين أسهمت مع غيرها من المجازر الأخرى في تفريغ البلاد من 650 ألف عربي. وأضاف قائلاً: لولا دير ياسين لما قامت إسرائيل.

وقد حاولت بعض القيادات الصهيونية التنصل من مسئوليتها عن وقوع المذبحة؛ فوصفها قائد قوات الهاجاناة (ديفيد شالتيل)، في القدس آنذاك، بأنها إهانة للسلام العبري، وهاجمها حاييم وايزمان ووصفها بأنها عمل إرهابي لا يليق بالصهاينة، كما ندَّدت الوكالة اليهودية بالمذبحة.

وقد قامت الدعاية الصهيونية على أساس أن مذبحة دير ياسين مجرد استثناء، وليست القاعدة، وأن هذه المذبحة تمت دون أي تدخُّل من جانب القيادات الصهيونية؛ بل ضد رغبتها؛ إلا أن السنوات التالية كشفت النقاب عن أدلة دامغة