بعد ذلك أكمل تعليمه في المدرسة الابتدائية-سنة 1952م- في مدرسة الإمام الشافعي الابتدائية القريبة من بيته في معسكر الشاطىء، وأنهى الصف السادس الابتدائي، وكان عمره وقتها الثانية عشرة عاما، وكان حينها يعلمه المدرسان محمد أبو دية وفؤاد عيسى يوسف في مدرسة الإمام الشافعي الكائنة قرب سوق فراس، وفي نفس المدرسة أكمل المرحلة الإعدادية سنة 1955م، ثمّ التحق بمدرسة فلسطين ليكمل المرحلة الثانوية العامة سنة 1958م، وعمل بعدها مدرساً للغة العربية والتربية الإسلامية بمدرسة الرمال الابتدائية، وهي مدرسة حكومية.

وفي تلك الأثناء- في فترة الخمسينات-كان المدّ الناصري قد بلغ مداه، فيما اعتقل الشيخ من قبل المصريين بتهمة الانتماء إلى حركة الإخوان المسلمين، وعندما كان رجالات الحركة في قطاع غزة يغادرون القطاع هرباً من بطش الحكومة الناصرية كان لأحمد ياسين رأي آخر. فقد أعلن أنّ على هذه الأرض ما يستحق الحياة والجهاد..تقدّم لامتحان الثانوية العامة مرة أخرى، كي يلتحق بالجامعة انتساباً، وتقدّم إلى جامعة عين شمس عام 1964م قسم اللغة الإنجليزية، وفي 1965م تقدم للامتحان، ونظراً لظروف الاعتقالات التي حدثت عام 1965م في مصر بالنسبة للإخوان والشهيد سيد قطب فقد حيل دون عودته إلى مصر مرة أخرى.