أنيابه للوالي خورشيد باشا الذي لعب دورا في تعيينه وازداد تقربا من العلماء وعلى رأسهم السيد عمر مكرم، نقيب الأشراف. وأدرك الوالي خورشيد باشا أبعاد ما يخطط له محمد علي،، نسعى إلى تقليم أظافره وإبعاده عن البلاد. ونجحت مساعيه لدى الباب العالي باستدعاء القوة الألبانية التي يقودها محمد علي، إلى الدولة العثمانية، وعادت القوة دون محمد على وقليل من الجند حيث أصر العلماء والمشايخ على بقائه في مصر، فجدد الوالي مساعيه لدى الباب العالي واستصدر فرمانا بتعيين محمد علي، واليا على جدة، لكن ذلك لم يكن يتفق وأطاع

محمد علي، فرفض تنفيذ الفرمان. وفي هذا عصيان لأوامر السلطان - وظل محتمية بسلطة المشايخ والعلماء (40).

ورد محمد علي على ذلك بإثارة العلماء والمشايخ بساندهم الأهالي على خورشيد باشا، ويصور الجبرتي كيف كان محمد على، يتردد على عمر مکرم نهارة وليلا يعاهده ويتعاقد معه سرا بل ويحلف له الأيمان الكاذبة على سيره بالعدل وإقامة الأحكام والشرائع والإقلاع عن المظالم ولا يفعل أمرة إلا بمشورته ومشورة العلماء وأنه من خالف الشروط عزلوه وأخرجوه - وهم قادرون على ذلك - فيتورط الخاطب - أي عمر مکرم - بذلك القول ويظن صحته وأن كل الوقائع زلابية (41).

وتقدم العلماء إلى القاضي بشكوى ضد خورشيد، في 12 مايو سنة 1805 م، بعد أن خدعهم ومحمد علي،، يشكون فيها من استغلاله وسوء تصرفات قواته، وفي اليوم التالي أسفر العلماء عن نواياهم وبشكل يؤكد دور محمد علي، في تحريك الأحداث فأعلنوا عزلهم للوالي د خورشيد،