معاناة المدرسة من الازدواجية التي عانت منها المدرسة في الوقت الحاضر في المرحلة المتوسطة، وذلك للفصل بين المدرسة التي تشرف عليها الجامعة الإسلامية، والشعبة التي يشرف عليها الوقف، باعتبار أن المدرسة يجرى قبول الطلاب حسب لائحة الجامعة الإسلامية، ويتم الصرف عليها من ميزانية الجامعة، بينما في الشعبة يجري فيها قبول الطلاب حسب ما شرط الواقف حتىعام 1417هـ، أصبحت تطبق نفس شروط القبول للجامعة الإسلامية، لاعتبار أن الشهادة التي تمنحها الشعبة لا يمكن ان تكون معتمدة إلا بتحقيق شروط القبول للجامعة الإسلامية، وأما تمويلها فيتم من ريع الوقف.

على الرغم من التطورات التي مرت بها المدرسة من حيث الإشراف، إلا أن المكتبة بقيت في مقرها وتحت إشراف ناظرها حسب شرط الواقف.

ندرة محتويات مكتبة أهل الحديث، وتنوع محتوياتها في التفسير والعقيدة والفقه واللغة والتاريخ … رغم اختصاصها في الحديث وعلومه.

حرص المدرسة على التنظيم الإداري للمكتبة، وتوفير العديد من الخدمات المكتبية من فهرسة وتصنيف وتوفير الأجهزة والأثاث المناسب، مما يساعد على تيسير سبل البحث والدراسة للطالب.

حرص المدرسة على ازدياد مقتنيات المكتبة النادرة منها، والمخطوطة والمطبوعة والدوريات بطريق التبادل والشراء والإهداء.

ضعف الحالة المالية للشعبة لا يمكنها من أداء رسالتها على الوجه الصحيح، لتأخير تحصيل إيجار المركز التجاري الموقوف عليها، وانعكاس ذلك على العملية التعليمية وخدماتها وعلى تنفيذ خططها المرسومه، وعلى رواتب الطلاب التشجيعية، مما جعل الشعبة تعرض فكرة استغلال مسكن الطلاب بشكل استثماري، لمواجهة مصاريف المدرسة على مجلس الإشراف على الوقف لدراسة جدواها.

3- مدرسة التهذيب الخيرية :