صيانتها والمحافظة عليها بحفظ كل مخطوط داخل صندوق أكبر منه قليلاً، وكذلك الحرص على ترميمها وتحديد موظفين يقومون بذلك، وتحديد مكان مخصص لترميمها مما ساعد على سلامة المخطوطات، وبقائها بحالة جيدة حتى الوقت الحالي.
حسن اختيار حافظي الكتب، ووضع بعض القيود لذلك بجانب الحرص على تنظيم سير العمل بينهم.
توفير خدمات للقارئ من خلال تناوب حافظي الكتب بشكل دوري خلال ساعات فتح المكتبة، التي تمتد من بعد طلوع الشمس تقريباً إلى ما بعد الغروب، مع توفير نساخ يساعدون طلبة العلم في استنساخ ما يريدون.
ومرت هذه المكتبات بعدة أحداث وصعوبات منها :
تعرضها للسرقة في بعض الفترات، وكذلك نقلها إلى استانبول ثم عودتها إلى المدينة.
انقطاع موارد الأوقاف من تركيا بعد سقوط الخلافة العثمانية، وضعف موارد أوقاف المدينة، مما أدى إلى ضم المكتبة إلى إدارة أوقاف المدينة والإشراف والصرف عليها من إيجارات أوقافها.
ب- ولوحظ أن المكتبات خلال العهد السعودي :
فُقدت بعض مكتبات المدينة العامة منها أو الخاصة أو الملحقة بالمدارس أو الأربطة أو بعض محتوياتها، لسوء إدارة نُظار تلك المكتبات.
هناك العديد من المكتبات في المدينة المنورة، والتي تحتوي على مخطوطات نادرة، ولكن لا تلقى عناية حتى من أصحابها الأمناء، بل آلاف منها ما تزال حبيسة في صناديق ملقاة، تطاول عليها الزمن كمكتبة رباط مظهر.
قيام الدولة بالنهوض بالمكتبات الوقفية حيث ضمتها إلى المكتبات العامة التي أنشأتها الدولة، مما قلل الدافع الجماهيري للتبرع بإنشاء أوقاف جديدة للمكتبات اعتماداً عليها وكان من أهم هذه المكتبات :