الزوايا والخوانق، تلاشت في المدينة مع بداية العهد السعودي، وما لبثت أن انقرضت نهائيا لأن المدارس والمعاهد الحكومية النظامية، التي قامت الدولة بتأسيسها قد انتشرت في المدينة وشملت جميع الأحياء السكنية بها، وباعتبار أنها قد مارست دوراً صوفياً إلى جانب تعليم القرآن، مما جعل الدولة تتخذ موقفاً صارماً أمام هذه الزوايا فعملت على إغلاقها خوفاً من نشر البدع والخرافات التي تتنافى مع العقيدة الإسلامية.

المدارس، نجد أن التي أوقفت في العهد العثماني، اختفى بعضها في العهد السعودي مع امتداد الزمان، ولم يبق إلا القليل منها التي توجهت لتدريس القرآن الكريم أو إقامة بعض الدروس الدينية، أما المدارس التي أقامها بعض الأهالي والمجاورين مع بداية العهد السعودي، فلعب الوقف دوراً كبيراً بتوفير مبنى للمدرسة، ومكافآت للطلاب وسكن لهم في بعضها، ورواتب للمدرسين في بعضها الآخر، وظلت تلك المدارس تقوم بدورها حسبما وضعه مؤسسها حتى خضعت تلك المدارس بالتدريج لجهات حكومية، تولت الإشراف عليها وتمويل بعضها، ولذلك بدأت الأوقاف بالقصور والتقلص، ويزداد الشعور لدى الناس أن الحكومة قد كفلت لهم كل أمور التعليم، فقل الوقف على المدارس، وأصبح التعليم شأناً من شؤون الدولة بالدرجة الأولى.