القبو: قسم للمخطوطات، ويضم جميع مخطوطات المكتبات الوقفية، بحيث أُفرد لكل مجموعة من المخطوطات في كل مكتبة وقفية، خزانات خاصة بها، مكتوب على أول خزانة لها تعريف باسم المكتبة الوقفية واسم واقفها، ومعلومات موجزة عنها وعن عدد مخطوطاتها (1)، وبلغت مخطوطات هذا القسم (14246) مخطوطاً أصلياً، بالإضافة إلى عدد كبير من المصورات الورقية والميكروفيلمية، و ((قد تم إعداد الفهارس اللازمة لمخطوطات كل مكتبة موقوفة، إلى جانب الفهرس الموضوعي المرتب هجائياً للمخطوطات التي يقتنيها قسم المخطوطات، كما تم توفير أجهزة قراءة الأوعية المصغرة (الميكروفيلم))) (2).

الطابق الأرضي: قسم لخدمات المستفيدين من المخطوطات، ويقدم لروادها خدمات مرجعية وإرشادية لكيفية استخدام فهارس المخطوطات، ويمكن الباحثين من الاطلاع على النسخ المصورة للمخطوطات الميكروفيلمية أو الورقية في حالة تواجدها، أو المخطوطات الأصلية إذا لم يوجد صورة لها، ويسمح للراغب من الباحثين بتصوير جزء منها داخل المكتبة كخدمة تقدمها له، و أما في حالة رغبته بتصوير جميع المخطوطة أو أكثر من 20% من مجموع ورق المخطوطة، فلا يسمح له بذلك إلا بعد تقديم طلب من الجهة التي يعمل بها، والتي تطلب تمكينه من الحصول على صورة منها، كما يقدم هذا القسم خدمات الإعارة الداخلية فقط دون الإعارة الخارجية. وتستمر فترة الاطلاع والإعارة الداخلية في الفترتين: من الساعة السابعة والنصف حتى الساعة الثانية والنصف صباحاً للباحثين فقط، ومن الساعة الرابعة والنصف حتى الساعة العاشرة مساءاً للباحثين والباحثات (3).