مجموعة كبيرة جداً قد تصل إلى ألفي كتاب أو تزيد، أغلبها مخطوط من وقف محمد العزيز الوزير التونسي، وقد حمل كل كتاب من كتبه ختماً دائرياً كتب عليه (( وقف محمد العزيز الوزير )).
مجموعة كتب من إهداء السيد (( أحمد ياسين الخياري )) أول أمين للمكتبة.
مجموعة كتب الدكتور (( محمد حسين الهندي )).
مجموعة كتب (( محمد مرشد )).
مجموعة كتب تحمل ختماً مُستطيل الشكل، كتب عليه (( وقف الروضة 1330هـ/ 1911م )).
مجموعة من الكتب تحمل ختماً دائرياً، كتب عليه (( محكمة المدينة المنورة ))، كما كتب أعلاه (( وقف في محكمة المدينة المنورة )) وبعضها من وقف أشخاص على المحكمة.
بعض الكتب من وقف (( الحاج طوسون أحمد باشا، والي جدة وشيخ الحرم المكي )).
مجموعة كتب من إهداءات شخصية، منها على سبيل المثال لا الحصر البحر المحيط من وقف سلطان المغرب الأقصى (( مولاي عبد الحفيظ بن الحسن )) سنة 1327/1909، والجامع لأحكام القرآن للقرطبي من وقف (( محمود على محمود ثابت )).
كتب ومطبوعات جلالة الملك عبد العزيز رحمه الله.
كتب مكتبة الدكتور / محمد حسين خان بهادر.
كتب مكتبة السيد / عبد الماجد أسعد محيي الدين البخاري.
مجموعة كتب للشيخ / محمد أحمد العمري المغربي، والشيخ السيد / مصطفى خليفة، والشيخ /عبد الكريم المصري الأزهري.
مجموعات كتب حديثة زودت بها المكتبة من (( رئاسة إدارات البحوث العلمية والإفتاء والدعوة والإرشاد )).
وللمكتبة ختمان، أحدهما بيضاوي كتب عليه (( مكتبة الحرم النبوي الشريف بالمدينة المنورة )) والآخر وهو الأحدث – كتب عليه (( المملكة العربية السعودية، مكتبة الحرم النبوي الشريف، المدينة المنورة، عدد ))(1).
(1) حمادي التونسي، مرجع سابق، 28.