وأما أوقاف المدرسة فهدمت جميعاً، عدا أربعة دُور في عهد الناظر عمر عادل التركي، وكان مجموع التعويضات التي دفعت للعقارات المهدومة أربعة ملايين ريال، ثم قام الناظر بشراء ثلاث عمارات بدلاً منها(1)، ثم أزيلت باقي عقارات الوقف لصالح مشروع خادم الحرمين الشريفين الملك فهد بن عبد العزيز آل سعود لتوسعة المسجد النبوي الشريف، وقد تم تعويضها واشتري بدلاً عنها في منطقة السبع مساجد، وقد كان هدم المدرسة لتوسعة المسجد النبوي سبباً لتوقف الدراسة بالمدرسة التي كانت مستمرة بها، وقد شكل ذلك الهدم والتعويض وإعادة المدرسة لما كانت عليه أكبر صعوبة واجهت المدرسة(2).

ومنذ حوالي عام 1412هـ استعادت المدرسة ممارسة نشاطها التعليمي في مقر المدرسة الجديد الذي هو عبارة عن عمارة ثلاثة أدوار، تقع في شارع الستين قرب مسجد أبي ذر، تستغل حسبما هو عليه شرط الواقف لدراسة وسكن طلاب العلم المستحقين في شرطه، ويتم فيها تدريس القرآن الكريم، والحديث النبوي الشريف، والوعظ والإرشاد من بعد صلاة العصر إلى قرب صلاة المغرب. ويبلغ عدد طلابها اثنا عشر طالباً، يدرسهم مدرس وناظر المدرسة الشيخ أحمد علي عثمان(3).