كما وقف الكتب النفيسة المقيدة في دفتر مخصوص مهموز(1) عليه، وترسل هذه الكتب إلى المدينة، وتوضع في المدرسة المذكورة بواسطة شيخ الحرم النبوي الشريف ومدرس المدرسة(2)، وقد وصفها البتوني في رحلته : (( وفي باب السلام كتبخانه للسلطان محمود، ومقدار الكتب التي فيها (4569) كتابًا، وهي وإن كانت أصغر من كتبخانة عارف حكمت إلا أنها جميلة ومرتبة ))(3). كما تعد ثاني مكتبة بعد مكتبة عارف حكمت من حيث المحتوى والتنظيم والشهرة(4) وتضم هذه المكتبة حوالي (3000) مخطوط، بعضها من المخطوطات النادرة. وختم المكتبة دائري كتب عليه (( وقف كتبخانة مدرسة محمودية في المدينة المنورة سنة 1333 أو 1323هـ/1914 أو 1905م ))(5).

(( ويذكر التونسي أن عدداً من العلماء أوقفوا كتبهم لها، منهم المحدث المشهور / محمد عابد السندي، الذي ولاه محمد علي باشا مشيخة علماء المدينة، فقدم إليها وأقام فيها، وكانت لديه مكتبة نفيسة أوصى بوقفها بعد موته ))(6).

وذكر الشيخ جعفر فقيه (( أن هذه المكتبة جرى نقلها إلى دمشق، ووضعت في تكية السلطان سليم أمام معرض دمشق الدولي الحالي، وفاض عليها نهر بردى، فأصاب جزءاً من محتوياتها، ثم أعيدت بعد ذلك إلى المدينة ))(7).