هـ/ 1525 م. إلا أن هذه المقصورة انقرضت منذ مدة قصيرة. وتعود خزائن المكتبة إلى سنة 1256 هـ/ 1840 م، التي حبّسها على الجامع أحمد باشا باي الحسيني. ووردت الختمة العظيمة التي ما زال يقرأ فيها القرآن، من الأندلس، وذلك سنة 868 هـ/ 1463 م. وقد تم ترميمها على يدي محمد باي بن حمودة باشا صاحب جامع سيدي محرز، وذلك حسب النقيشة المحلية للصندوق سنة 1084 هـ/ 1673 هـ.

... أما أحلك الفترات التي مرت بها مدينة تونس والجامع الأعظم، فقد كانت خلال الحرب الإسبانية ـ التركية؛ إذ دخل الإسبان إلى تونس سنة 941 هـ/ 1535