تولى إدارة الظاهرية الأستاذ عمر رضا كحالة أواخر سنة 1934، فرأى أن يحقق هذا الأمر. فتم استقلال المخطوطات في تلك الآونة، وجعل لها سجل خاص بها في دفتر كبير الحجم. وكتبت المخطوطات جميعاً في هذا السجل على الطريقة التي اتبعت في دفتر الظاهرية الأول بأسماء الكتب ومرتبة حسب أصناف العلوم، مع تغيير طفيف وزيادات قليلة في حقول الملاحظات والمعلومات. وأعطيت المخطوطات في هذا السجل أرقاماً متسلسلة إلى جانب أرقامها الخاصة القديمة.