خلف المالقي مصنفات عديدة في الفقه وعلوم القران أجلها "الدر النثير" موضوع هبن ا البحث ، وله كتاب "الأصول الخمسة التي بني الإسلام عليها" و"المنتخب في فضائل القران "(5) وغيرها.

توفي سنة 705 هـ، بمقالة، وكان الحفل في جنازته عظيما.

كتاب "الدر النثير":

شرح المالقي بهذا الكتاب كتاب "التيسير" لأبي عمرو الداني (ت 444 هـ)، وهو العمدة في علم القراءات القرآنية، عنه نظم الشاطبي قصيدته المشهورة "حرز الأماني ، فصار الفرع أشهر من الأصل ، إذ غدت الشاطبية طريق القراءات القرآنية لا يكاد يؤخذ إلا بها.