وحاول خامنئي إنشاء حلقات الدرس والبحث الفلسفي والأدبي والتاريخي، استدراج الطلبة الجامعيين الى البحث الديني والفلسفي على نهج علي شريعتي بمشهد، ولكنه اضطر بعد فترة اعتقل خلالها مرتين، الى مغادرة مشهد مثل شريعتي نحو طهران. والسبب وراء اعتقاله كان دعمه وتعاطفه مع المنظمات الثورية اليسارية المعارضة للشاه، التي خاضت منذ أواسط الستينات في القرن الماضي نضالاً مسلحاً ضد الشاه.

ومنذ 1967 وحتى قيام الثورة في فبراير (شباط) 1979، قضى خامنئي حوالي سنة ونصف السنة في السجن، وأكثر من خمس سنوات منفياً بقرار المحكمة العسكرية عن مسقط رأسه مشهد، في مدن مقاطعة بلوشستان مثل «ايرانشهر»، حيث يشكل أهل السنة الأغلبية، وخامنئي المنفتح لم يواجه صعوبة في العيش بين أهل السنة، الذين اكتشفوا فيه شخصية مثقفة مناهضة لرجال الدين الشيعة المتعصبين.