حذر البوطي في خطبته بشدة الملالي الشيعة من التمادي في تبشيرهم واحتلال المقامات واختلاقها في المناطق السنية، قائلاً: "إياكم ومهايع الفتنة، إياكم وأن تلعبوا بالنار، لَئن كان الساسة في شغل شاغل، وفي ظروف لا تسمح لهم بالتحذير، فنحن المسلمون لنا ظروف أخرى نستطيع أن نشير إلى مكان الخطر (...) آمُل أن يكون في وعي هذه الأمة ـ لاسيما في هذه البلدة [دمشق] ـ ما ينبهها إلى الخطر الداهم، ما ينبهها إلى نشاط يتحرك باسم الإسلام، ولكنه يبتغي شيئاً آخر، يبتغي إثارة فتنة، يبتغي مقارعة مذهب بمذهب تحت مظلة دين واحد، اجعلوا من وعيكم حارساً لهذه الحقيقة. أما قادتنا، فلا أدري ماذا أقول، لعلهم في شغل شاغل بسبب الظروف المدلهمة التي جعلتهم في دوامة وحيرة" (1) .

وكما هو واضح فإن البوطي على الرغم من أنه يصرح بأن العملية التبشيرية تتم في "غفلة" السلطات، إلا أنه من طرف آخر كان قد غمز بوجود مصالح سياسية للنظام بهذه الحركة التبشيرية عندما ختم خطبته بالقول "قاتل اللهُ السياسةَ عندما تحجب عن المبدأ، وقاتل الله السياسة عندما تمتطي الدين لمصلحتها" (2) .

من الطبيعي أن يكون البوطي بعد ثلاثة أشهر أحد أبرز الموقعين على بيان علماء الشام، ولا نستبعد إطلاقاً أن يكون البوطي قد صاغ البيان بنفسه، لكن البوطي ـ رجل البلاط الذي انتهت صلاحيته منذ سبع سنوات ـ لم يتوقف، فالمسألة تبدو مقلقة له كعالم دين ورمز سني كبير مسؤول عن حماية معتقدات أتباعه، فتقدم رسمياً لجهات عليا (لم نستطع التعرف على هويتها) بين 20-25 شباط/فبراير 2007 يطالب بالتدخل لوقف عملية التبشير (3) ، لكن يبدو أن طلبه "ضاع" في دهاليز السلطة فلم يظهر له أثر!