وهو مخصص للمشاريع الخيرية الخاصة، وبناء المساجد والحسينيات، وتعمير العتبات، ودعم الطقوس الشيعية.

كما تدير الهيئة عددا من الحوزات والحسينيات مثل: حوزة الإمامين العسكريين، وحسينية سيد الشهداء.