وتركزت وظيفة قوات بدر على شن حرب عصابات ضد الأجهزة الحكومية، والقيام باغتيالات لأعضاء حزب البعث والجيش والأجهزة الأمنية، انطلاقاً من الأراضي الإيرانية، ثم نقل الفيلق عملياته إلى شمال العراق، في منطقة كردستان بعد سنة 1991م بسبب فقدان نظام صدام السيطرة على هذه المنطقة في أعقاب حرب عاصفة الصحراء.

وتقدر قوات بدر بـ 10 – 15 ألف مقاتل، وفي سنة 2003م، كان لفيلق بدر إضافة إلى المجلس الأعلى دور كبير في تقديم المساعدة للقوات الأمريكية لاحتلال العراق، ومنذ ذلك الحين ينفذ الفيلق والمجلس – إضافة إلى جهات شيعية أخرى – مخططا لتصفية أهل السنة، وخاصة أصحاب العقول والكفاءات منهم، والقيادات الحكومية السابقة والضباط.