ولكن هذه الدراسات والبحوث ـ التي لم تكن نزيهة على الإطلاق ـ لم تستطع أن تحقق هدفها بعد، إلا أنها استنفرت الباحثين المسلمين لمواجهتها والدفاع عن القرآن، مما حدا بهم إلى دراسة المناهج الغربية والاتصال بالعلوم الاجتماعية الغربية الحديثة، فسعى هؤلاء الباحثون للكشف عن المشكلات العلمية والمنهجية الكامنة في هذه الدراسات، وتبيَّن لكثير منهم - فيما بعد - أن التلويح بالمناهج الحديثة الذي تضمنته كان في معظمه نوع من الإرهاب الفكري لا أكثر.

والملاحظ أن الأبحاث والدراسات القرآنية المختلفة بتأثير هذه الظروف تركزت في محورين رئيسين، الأول: توثيق القرآن ونقله(تاريخية القرآن)، والثاني: الدلالة الكلية للقرآن في إطار إعادة التفسير لأغراض معرفية وأيضاً أيديولوجية.

في توثيق القرآن فإن واحدة من أوائل الدراسات الفيلولوجية النصية المقارنة للقرآن كانت عام1856م للمؤلف ثيودور نولدكه (T. Noldeke)، بعنوان "أصل وتركيب سور القرآن" والذي نشره بعدما أعاد النظر فيه وطوره عام1880م بعنوان "تاريخ القرآن"(ترجم إلى العربية2004م)، وفي العالم العربي تصب جهود مثل جهود محمد أركون عموماً في قصد ما يسميه "أرخنة القرآن" وإعادته "بشكل علمي إلى قاعدته البيئوية والعرقية - اللغوية والاجتماعية والسياسية الخاصة بحياة القبائل في مكة والمدينة في بداية القرن السابع الميلادي"، بدءاً من بحثه "نسبة القرآن إلى الله" 1969م، مروراً بكتابه "قراءات في القرآن" 1982م.