واستمر هذا الحال في كل العهود التي تلت سقوط بغداد: ففي عهد الإليخانيين (656-738هـ / 1258-1338م) وهم المغول وبعد أن خربوا بغداد وقتلوا أهلها:

- جاء إلى بغداد من سكنها من العشائر من حولها وأصبحت بغداد أكثر سنية فقد اندثرت حتى مدينة الكرخ الشيعية.

- ثم من بعدهم جاء الجلايريون (738- 795 هـ ) (1338- 1392 م ).

- ثم حكم تيمورلنك المغولي (795- 808 هـ ) (1392-1411م ).

- ثم حكم الجلائريون(1)( 808-874 هـ) (1411-1469م )

- ثم حكم التركمان الآق قوينلو والقرة قوينلو (874-914 هـ ) (1469-1508م ).

- في كل هذه الفترات كان الحكم سنياً(2) بحتا لمدينة بغداد والعراق.

- ثم احتل الصفويون بغداد وجزءا من العراق سنة (914- 930هـ /1508 - 1523 م) ونصروا الشيعة وقتلوا السنة، لكن بغداد والعراق بقيا بلدا سنيا

- ثم طرد أمير كردي هو (ذو الفقار) الصفويين واحتل بغداد (930-936هـ /1523-1529م).

- وعاد الشاه طهماسب الصفوي واحتل بغداد (936- 941هـ /1529-1534م ).