في هذه الأثناء طور الكركي نظرية النيابة العامة للفقهاء عن المهدي والتي كان يتبناها بعض علماء جبل عامل، والتي بموجبها أعطى رجال الدين الشيعة صلاحيات المهدي المنتظر، إذ قال الكركي في كتابه "جامع المقاصد" (ص11): "إن الفقيه المأمون الجامع لشرائط الفتوى منصوب من قبل الإمام "المهدي"، ولهذا تمضي أحكامه ويجب مساعدته على إقامة الحدود والقضاء"(1).

وهذه النيابة للفقهاء كانت خلافاً لما أراده الشاه إسماعيل الصفوي الذي كان يعتبر نفسه الأحق بهذه النيابة بناء على بعض المنامات التي ادعاها، والأوامر التي ادعى أنه تلقاها من الإمام علي رضي الله عنه، ومن المهدي المزعوم للحرب وإقامة الدولة، وقد كان إسماعيل هذا يعتبر نفسه :نائب الله وخليفة الرسول والأئمة الاثنى عشر وممثل الإمام المهدي في غيبته"(2).

وتتحدث المصادر الشيعية عن أن الاختلاف حول من ينوب عن المهدي المزعوم، الحاكم أو الفقيه سبب جفاء بين الشاه إسماعيل والكركي، جعل الأخير يغادر إيران إلى النجف بالعراق، وظل كذلك إلى أن اعتلى طمهاسب الأول عرش الدولة الصفوية بعد وفاة إسماعيل.

فطمهاسب الذي تولى الحكم صغيراً "قرر أن يستعين بالفقهاء "نواب الإمام المهدي العامين" لكي يعزز من شرعيته الدستورية، ويضرب القزلباشية(3) المتصارعين حول السلطة"(4).

وظل الكركي في مرتبة لا تدانيها مرتبة خلال عهد طمهاسب رغم الخلافات التي نشبت مع بعض علماء الشيعة الآخرين، وظل الكركي الآمر الناهي في الدولة الصفوية حتى وفاته.

2- بعد الكركي: لم ينته تأثير علماء جبل عامل بعد وفاة الكركي، ذلك أن عدداً من المهاجرين هم أيضاً تبوءوا المراتب العليا في الدولة الصفوية، وساهموا في النهضة الشيعية، نذكر منهم على وجه الاختصار: