ففي تلك السفرة التي رافقه فيها مسؤول العلاقات الخارجية للحركة آنذاك ابو احمد (عصام الناطور)، تم حجز الشقاقي ورفيقه في بيت شمال طهران ولم يسمح له بالخروج منه إلى المدينة كما قُطع عنه الهاتف ولكن بعد فترة شهر بأكمله، تمكن الشقاقي، وبعد مفاوضات مضنية، من إقناع الإيرانيين بإطلاق سراحه ورفيقه بعد ان أقنعهم بأنه سوف يقطع علاقاته بليبيا ويلغي منصب المرشد العام للحركة ويلبي الشروط الأخرى التي كان الإيرانيون يصرون عليها ومن ضمنها ان يكونوا هم من يختار زمان ومكان العمليات العسكرية التي تنفذها الحركة ضد قوات الاحتلال بالإضافة إلى ضرورة تصعيد خطاب الحركة المعادي للرئيس ياسر عرفات والسلطة الوطنية الفلسطينية وهو ما كان يرفضه الشقاقي دائما وكان يصر على توجيه الانتقاد بدل الهجوم والتشهير على غرار ما كانت تفعله بعض التنظيمات الفلسطينية التي تحظي بدعم إيران آنذاك من أمثال الجبهة الشعبية لتحرير فلسطين - القيادة العامة بقيادة احمد جبريل وحركة فتح الانتفاضة بقيادة ابو موسى و أبو خالد العملة وغيرها.

كان الإيرانيون ومنذ ان أخذت خلافتهم تتصاعد مع الشقاقي قد بدأوا بتهيئة البديل له وقد وقع اختيارهم على الدكتور رمضان عبد الله شلح الأمين العام الحالي للحركة الذي يعد من الأشخاص الأوائل الذين التحقوا بحركة الجهاد عندما كان طالبا بكلية الاقتصاد في مصر، وحين انتقل من الأراضي المحتلة إلى أمريكا صار يتردد علي ايران وتمكن من بناء علاقات جيدة مع أطراف متنفذة في القرار الإيراني وذلك بعد ان اظهر لها ميوله للمذهب الشيعي وتهجمه المستمر على الخط العروبي والرئيس الراحل ياسر عرفات.