لقد كانت سياسة إعلاء شأن النصارى واضحة قبل عهد العزيز، فبعد وصول المعز إلى مصر قادماً من إفريقية طلب إليه البطريرك أفرهام السرياني أن يمكنه من بناء كنيسة أبي مرقورة بالفسطاط، وكذلك الكنيسة المعلّقة بقصر الشمع، فكتب له سجلا يمكنه من ذلك، وأطلق له من بيت المال ما يصرفه على هذا البناء، فتصدى الناس للأقباط الذين يريدون بناء الكنائس، ومنعوهم من البدء في عملية البناء، فجاء المعز وأشرف بنفسه على بناء أساس الكنيستين، ثم أمر ببناء كل الكنائس التي تحتاج إلى عمارة.

كما أنه عيّن النصراني عيسى بن نسطورس وزيراً بعد وفاة ابن كلس، فضبط الأمور، وجمع الأموال وأثقل أهل مصر بالضرائب، وتفشى الغلاء في عهده، واضطرب الأمن حتى أن المؤرخين يذكرون أنه لم يحج أحد في هذه الحقبة من مصر، وبلغ بالناس الجوع مبلغه حتى بلغ عدد الموتى مائة وسبعين ألفاً.

لقد أدت سياسة العبيديين في إعلاء شأن اليهود والنصارى، وإكرامهم وتوليهم الوزارة إلى آثار سلبية على المسلمين، فقد عمّت مظالمهم جماهير المسلمين، وظهر تحيزهم لأبناء دينهما، ويكفي للتدليل على ذلك ذكر قصة العابد المشهور أبي بكر النابلسي رحمه الله المتوفى سنة (363هـ)، حيث سلمه المعز ليهودي ليسلخه فسلخه، وهو يتلو القرآن، كما في "تاريخ ابن كثير". وجاء في "العِبَر" للذهبي أن النابلسي كان قد قال: "لو كان معي عشرة أسهم لرميت الروم سهماً ورميت بني عبيد تسعة"، فبلغت هذه العبارة جوهر الصقلى، فلما قرّره اعترف وأغلظ لهم، فقتلوه.