إن الجماعات السنية، بما فيها التي تقاوم الاحتلال، أو التي مازالت خارج الفعاليات السياسية، تندرج هي الأخرى في إطار الميليشيات، ومنها على سبيل المثال لا الحصر جيش محمد وكتائب ثورة العشرين، وكان جلال الطالباني قد صرح أخيراً أن الأميركيين يجرون حواراً مع ممثلين من المقاومة بحضوره، وأكد الطالباني قائلاً: أنا شخصياً التقيت بعدد من الذين يقولون إنهم المقاومة الشريفة، وكانت اللقاءات جيدة وإنهم على استعداد للانخراط في العملية السياسية، ولهم مفاوضات مع الحكومة الأميركية.

من تعداد الميليشيات الطائفية أعلاه يتضح الغرض الحقيقي للدور المنوط بها ، ومع ذلك فالقوات الأمريكية والتحالفية المحتلة استخدمت بعض الميليشيات في عملياتها وبخاصة الميليشيات الكردية، ولاسيما في معارك الفلوجة، وكذلك في الفترة الأخيرة عندما هاجمت الميليشيات الكردية مليشيات التيار الصدري في حسينية المصطفى في بغداد وبدعم من القوات الأميركية، ولا يستبعد المراقبون أن الهدف من وراء استخدام القوات الأميركية للميليشيات الكردية في مهاجمة ميليشيات شيعية، هو السيناريو الأميركي المكشوف في إثارة الحرب الأهلية بين الطوائف وفئات الشعب العراقي، في وقت تزامن مع انفراط عقد التحالف الشيعي الكردي على أثر "أزمة الجعفري" إذا صح القول.