وكانت نهاية زعيم الجماعة أن أعدم في 18/1/1958 بتهمة الردّة والزندقة، بعد أن أمهل ثلاثة أيام ليتوب من أفكاره المنحرفة، لكنه لم يتب، وقد انحسر عدد أتباعه بعد إعدامه، إضافة إلى انتشار الصحوة الإسلامية في السودان.

وكان طه قد ألف عدداً من الكتب التي تبين منهج فرقته، ورؤيته للإسلام، منها:

1ـ قل هذه سبيلي، وهو أول مؤلفاته، صدر سنة 1952م.

2ـ أسس دستور السودان، صدر سنة 1955، قبيل استقلال البلاد، ونادى فيه بقيام جمهورية رئاسية، فيدرالية، ديمقراطية، اشتراكية. وهو كتاب نادر الوجود إذ يعمل الجمهوريون على إخفائه من الأسواق.

3ـ الإسلام، صدر سنة 1960. ويعتبرونه الكتاب الأم "للدعوة الإسلامية الجديدة" .

4ـ طريق محمد، ورسالة الصلاة، والرسالة الثانية من الإسلام. وقد صدرت هذه الكتب الثلاثة خلال عامي 1966ـ 1967.

5ـ التحدي الذي يواجه العرب، وكتاب "مشكلة الشرق الأوسط"، ويفتخر الجمهوريون بأن زعيمهم محمود في كتابه الأخير كان "أول من دعا العرب للدخول في سلام مع إسرائيل ليوجدوا هدنة يبحثون في أثنائها أسباب مشكلتهم الحقيقية بدلاً من الدخول في عداوات لا طاقة لهم بها مع إسرائيل ومع الغرب مما يدفعهم في أحضان الشيوعية الدولية.."(1).

أهم أفكارها:

تبنت فرقة الجمهوريين التأويل الباطني منهجاً، فصرفت الآيات عن مرادها، وابتدعت فهماً خاصاً للإسلام. وقد أخذت أفكارها من عدد من المذاهب والفلسفات.

1ـ عقيدتهم في الله: يزعم محمود طه أن اسم (الله) تبارك وتعالى يطلق على معنيين:

ـ معنى بعيد: وهو ذات الله الصرفة، وهي فوق الأسماء، ولولا أنها تنزلت في مراتب الوجود المختلفة لما عرفت. فكلمة (الله) عند الجمهوريين في معناها البعيد ليست إلاّ إشارة بسيطة غامضة، لا يمكن أن توصف، ولا تسمى ولا تعرف إلاّ بعد تنزلها.