واشتهر المجلسي بكثرة مؤلفاته التي تروج لمذهب الشيعة الاثنى عشرية، فمنها كتاب "زاد المعاد" الآنف الذكر في فضائل الأيام والليالي، وأعمال السنة، ومن كتبه كذلك "في أحوال الأنبياء من آدم إلى نبينا صلى الله عليه وسلم" و "في أحوال خاتم الأنبياء صلى الله عليه وسلم من ولادته إلى وفاته" ,و "في الفتن الحادثة بعد وفاة الرسول صلى الله عليه وسلم" و " في أحوال أمير المؤمنين من ولادته وفضائله ومعجزاته ووفاته" و "في أحوال الزهراء والحسنين عليهم السلام" و " في أحوال السجّاد والباقر والصادق والكاظم عليهم السلام" و"في أحوال الرضا والجواد والهادي والعسكري عليهم السلام" و"حق اليقين" و "مرآة العقول".

إلا أن كتاب " بحار الأنوار في أحاديث النبي والأئمة الأطهار" يظل أكبر كتبه وأهمها، ويقع في 25 مجلّداً ضخماً، كل مجلد منها يبلغ عدة مجلدات، حتى أن مجموعها بلغ 111 جزءاً، الأمر الذي جعل الشيعة يعتبرون هذا الكتاب "دائرة معارف شيعية لا مثيل لها" ومن أهم ما أضافه العصر الصفوي إلى المكتبة الشيعية وأوسع مصدر للثقافة الشيعية.

ويعتبر "بحار الأنوار" من أهم كتب الحديث عند الشيعة، وقد جمع فيه المجلسي ما هبّ ودبّ من الأخبار والأحاديث المنسوبة إلى النبي صلى الله عليه وسلم والأئمة، وجمع فيه سيرة النبي صلى الله عليه وسلم وفاطمة والأئمة الاثنى عشر، وأحوالهم ومناقبهم، وما نُسب إليهم من المواعظ، ورتبها من غير تهذيب ولا تحقيق.