تزوج خمس نساء، إحداهن ابنة ميرزا أعلى محمد خان، وهي إحدى قريبات ملك إيران ، ناصر الدين شاه قاجار (حفيد فتح علي القاجاري)، وهذه الزوجة وترتيبها الثالث أنجبت له محمد حسيني الذي تولى الإمامة بعده.

عمل على تأسيس "جمعية الاتحاد الإسلامية" وصار رئيساً لها، كما عُين حاكماً سياسياً لمنطقة بومباي، وممثلاً للمملكة الإيرانية لدى الحكومة البريطانية.

في عهده انتشرت الإسماعيلية في بلاد جديدة مثل بورما وسيريلانكا وبعض بلدان أفريقيا، وصار أغلب الأغاخانيين يعملون في التجارة ليصبحوا من أثرياء تلك المناطق.

توفي علي حسن شاه سنة 1302هـ (1885)، ونقل جسده إلى كربلاء ليدفن هناك.

3ـ أغاخان الثالث: سلطان محمد حسيني وهو ابن علي حسن، ولد في مدينة كراتشي الباكستانية سنة 1877م (1294هـ)، وتولى الإمامة بعد وفاة أبيه سنة 1885م، وكان حينها في الثامنة من عمره، فصارت أمه هي من تشرف على شؤون الطائفة. صار للأغاخانية في عهده شأن كبير وانتشار واسع، واهتم بتحسين أوضاع أتباعه، وانشأ الكثير من دور الأيتام والحضانة والجمعيات "الخيرية" والأندية الخاصة بالصغار، كما شجع الفرق الكشفية وروابط الطلبة، ودعا أتباعه إلى ممارسة التجارة وطرق أبواب الاقتصاديات بأنواعها مشجعاً الهجرة إلى أفريقيا والعالم.

تزوج أغاخان أربع مرات دون أن يجمع بين زوجتين:

الأولى: شاه زادي وهي إيرانية، وتوفيت بعد سنوات قليلة من زواجهما سنة 1897م.

الثانية: الإيطالية تريزا ماجليانو تزوجها سنة 1908 وأنجبت له ابنه الأكبر علي سلمان خان. وهي راقصة أوبرا.

الثالثة: الفرنسية أندريه كارون، وقد أعجب بها سنة 1927، وكانت آنذاك تبيع الحلوى والسجائر في كشك بجوار مقهى في باريس. أنجبت له صدر الدين، ثم طلقها.