وبالرغم من أن تلك الزيارة اندرجت في الظاهر ضمن زيارات دورية تعوّد الجعفري القيام بها إلى تلك المدينة لقضاء أيام معدودة برفقة زوجته وأبنائه الذين قرروا التريث وعدم استعجال العودة إلى العراق في ظل التوتر الأمني الحالي، وما زالوا يعيشون متنقلين، كسابق عهدهم، بين لندن وقم، إلا أن العارفين بخفايا الأمور رصدوا لقاء سريا بين الجعفري وصديقه القديم علي خامنئي، لالتماس تدخل المرشد الأعلى للثورة الإيرانية، بوصفه مرجعا مسموع الكلمة لدى الشباب الشيعة، لضبط العنف ولجم حماس أنصار مقتدى الصدر. وكذلك كان..

تلك الوساطة كان لها وقع حاسم في إقناع الأمريكيين بأنهم وجدوا في الجعفري حليفاً من المصاف الأول. مما يفسر التصريحات المتعددة التي وردت على لسان أبرز المسؤولين الأمريكيين، من دونالد رامسفيلد إلى كوندوليزا رايس إلى الرئيس بوش ذاته، وكلها تشيد بالجعفري بوصفه سياسياً "عملياً" و "معتدلاً" و "جاداً"

وقد بادل الجعفري تلك المجاملات الأمريكية بجملة من الإغراءات والتنازلات السياسية والمذهبية الهادفة لطمأنة المترددين في الإدارة الأمريكية بأن التحالف معه ليس ضربا من اللعب بالنار أو التحالف مع الشيطان. وترجم ذلك أساسا من خلال الـ U-TURN، أو الاستدارة الكاملة في مواقف الجعفري الفكرية، خاصة المتعلق منها بتأييد مبدأ "ولاية الفقيه"، الذي يشكل حجر الأساس في المذهب الجعفري الاثنى عشري الذي ينتسب إليه.

غداة توليه رئاسة المجلس الانتقالي العراقي، في يوليو 2003 صرّح الجعفري بأنه وإن كان يطالب بأن تكون الشريعة الإسلامية هي مصدر التشريع الوحيد، لكنه قال إنه لا يؤيد فكرة ولاية الفقيه على الصعيد العراقي، لأن الوضع يختلف عن إيران بسبب تركيبة المجتمع العراقي المغايرة والمتعددة عرقياً ومذهبياً.