ويواجه القائلون بنظرية ولاية الفقيه الاعتراض عليها والانتقاد لها بسبب ضعف الروايات التي يستندون إليها والمنسوبة إلى الإمام الغائب, إلا أنهم يتشبثون بها كأدلة مساعدة بعد تقريرهم لضرورة إقامة الحكومة الإسلامية في عصر الغيبة والتخلي عن نظرية التقية والانتظار للإمام الغائب, نظراً لسلبيتها, وقد مثل القول بولاية الفقيه ثورة في الفكر الديني الشيعي يتعلق بعقيدة مذهب الإمامية الاثنى عشرية, يتجاوز الجدل السياسي حول نظرية ولاية الفقيه.. حيث يشترط هذا المذهب العصمة والسلالة العلوية الحسينية, كأهم شروط الإمامة التي جاءت في أصول ذلك المذهب من مذاهب الشيعية, ولا يأخذ بها القائلون بولاية الفقيه.