فأثنى النبي - صلى الله عليه وسلم - على أبي بكر رضي الله عنه ونوه بفضله، ثم تحرياً منه للعدل دعا الناس قائلاً: " من كانت له مظلمة عندي فليقتصها الآن مني، ومن كان له شيء عليّ فليأخذه الآن "، ثم عاد إلى فراشه فدخل عليه جمع من الصحابة وهو يتألم، فأوصاهم عليه الصلاة والسلام بثلاثة: إخراج اليهود والنصارى من جزيرة العرب، وإجازة الوفود بمثل ما كان يجيزهم، وإنفاذ جيش أسامة إلى الروم.

ثم كان يشتد عليه الألم حتى يغمى عليه وعندما يفيق يقول: (لعن الله اليهود والنصارى اتخذوا قبور أنبيائهم مساجد، لا تجعلوا قبري وثناً يعبد).

فلما رأت فاطمة ما به من الألم قالت: (واكرب أباه)، فقال لها: (ليس على أبيك كرب بعد اليوم)، ومع اشتداد الألم عليه أوصى أن يصلي أبي بكر بالناس فصلى بهم سبع عشرة صلاة في حياة النبي - صلى الله عليه وسلم -.

وقبل الوفاة بيوم أعتق غلمانه، وتصدق بسبعة دنانير كانت عنده، ووهب أسلحته للمسلمين.

قالت عائشة رضي الله عنها كان إذا أفاق من ألمه يقول: (اللهم الرفيق الأعلى بل الرفيق الأعلى)، فعلمت أنه يفارقنا وكان يدعو اللهم اغفر لي و ارحمني وألحقني بالرفيق الأعلى، اللهم مع النبيين والصديقين والشهداء والصالحين وحسن أولئك رفيقاً.

وفي اليوم الأخير أزاح ستار البيت والناس في صلاة الفجر، فنظر إليهم وتبسم، وظن الناس أنه قد شفي، وكان أخر ما قال: (الصلاة الصلاة وما ملكت أيمانكم)

ثم إنه في ضحى نفس اليوم الاثنين 12 ربيع الأول 11 هـ توفي - صلى الله عليه وسلم - وكان واضعاً رأسه الشريف على صدر أم المؤمنين عائشة رضي الله عنها، فخرجت في دهشة، وأخبرت الناس الخبر، والذي نزل عليهم كالصاعقة، وذهل كبار الصحابة حتى إن عمر بن الخطاب رضي الله عنه هدد بالقتل من يقول: إن محمداً مات، واعتبرها غيبة كغيبة موسى عليه السلام وسيعود، ولم يفق الصحابة من هول الصدمة إلى أن جاء أبو بكر رضي الله عنه ودخل على الرسول - صلى الله عليه وسلم - وقبَّله وخرج، فخطب الصحابة قائلاً: من كان يعبد محمداً فإن محمداً قد مات، ومن كان يعبد الله فإن الله حي لا يموت، {وما محمد إلا رسول قد خلت من قبله الرسل أفإن مات او قتل انقلبتم