والشيعة أنفسهم قد اختلفوا فيما بينهم في تحديد هؤلاء الأئمة فبعضهم قال بإمامة ابن الإمام علي المعروف «بمحمد ابن الحنفية» وأحاطوا به، ومنهم من رفض ذلك، وآثر الحسين، ومنهم من لم يقر إمامة «محمد الباقر» ورأى أن الإمامة بعد علي زين العابدين المتوفى (سنة93هـ) تكون في «زيد» رأس الفرقة الزيدية المعروفة حتى الآن في اليمن.

وكان الإمام زيد له رأي خاص في الإمامة، فهو يرى أنها تصح في المفضول مع وجود الأفضل ورفض ما عليه الآخرون وأدى رأيه هذا إلى تصحيحه لخلافة أبي بكر، مع رأيه بأن الإمام علياً هو الأفضل. فخلافة الخلفاء قبل علي صحيحة في رأيه، على عكس بقية الشيعة.

وبعد الإمام جعفر الصادق المتوفى (148هـ) اختلفوا فيمن يكون الإمام بعده: هل يكون من ذرية إسماعيل الذي مات في حياة أبيه، أو تنتقل إلى موسى الكاظم ابن جعفر الصادق. ونتج عن هذا فرقة الإسماعيلية، وفرقة الموسوية التي سارت الإمامة فيها من موسى إلى ابنه علي الرضا، ثم محمد الجواد، ثم علي الهادي، ثم الحسن العسكري، ثم ابنه الطفل محمد، الذي مات في سن الخامسة في السنة التي توفى فيها أبوه (سنة260هـ) وقالوا عنه: إنه اختفى في سرداب، وإنه المهدي المنتظر .. إلخ! وسيظهر آخر الزمان .. إلخ.

وافترقت الشيعة أكثر من هذا إلى عشرات الفرق، كما هو معلوم، لكن يجمعهم كلهم القول بوجوب الإمامة وأن الرسول - صلى الله عليه وسلم - قد عين الإمام علياً بعده، فتكون إمامة غيره بعد الرسول غير صحيحة، وتكون منتزعة من صاحبها علي، وبسبب هذا وقفوا من أبي بكر وعمر وعثمان موقف العداء كما سبق ذلك.